Milan Balabán se narodil 3. září 1929 v Boratíně (dnes na území Ukrajiny) v rodině evangelického faráře Antonína Balabána. V letech 1948–1952 studoval na Komenského bohoslovecké fakultě v Praze.
V letech 1952–1974 působil jako vikář a posléze farář v evangelických sborech v Šenově, Strmilově, Semtěši u Čáslavi a v Radotíně. V roce 1969 postgraduálně studoval na Ekumenickém institutu v Château de Bossey ve Švýcarsku. Byl členem starozákonního překladatelského týmu českého ekumenického překladu Bible. V roce 1974 byl komunistickými úřady zbaven státního souhlasu k výkonu duchovenské služby. Do roku 1990 pak pracoval v dělnických povoláních, mimo jiné v pražských kanalizacích. Podepsal Chartu 77 a byl vyslýchán a pronásledován komunistickou Státní bezpečností. V době normalizace pořádal ilegální vzdělávací programy (včetně organizování dálkového studia teologie při univerzitě v Cambridge). V samizdatové podobě se šířila řada jeho odborných prací i jeho básnické sbírky, které byly posléze v době po skončení komunistického režimu vydány v několika renomovaných nakladatelstvích.
Jako farář bez souhlasu založil starozákonní seminář (Praha 6, Na Hanspaulce 69) a účastnil se jiných podzemních seminářů ve spolupráci s Milanem Machovcem, Egonem Bondym, Radimem Paloušem a jinými významnými postavami disentu.
V roce 1990 mu byl za práci CH-R-Š ve Starém zákoně (předloženou už roku 1972), udělen doktorát teologie. Roku 1993 byl po předložení a obhájení habilitační práce Víra – nebo osud? kvalifikován jako docent, roku 1995 byl jmenován profesorem Univerzity Karlovy. V říjnu 2002 obdržel od prezidenta Václava Havla státní vyznamenání za zásluhy o Českou republiku.
Svou badatelskou pozornost věnoval především zvláštní a svébytné noetice starozákonní literatury, kterou spolu s některými biblisty a teology dvacátého století nazýval souslovím „hebrejské myšlení“. Jako hebraista zkoumal vztah mezi svébytným pojetím skutečnosti, vyjádřeným ve starozákonních látkách, a jedinečnými charakteristikami biblické hebrejštiny. Osobité rysy hebrejského myšlení pak podrobně zkoumal a dokládal rozborem klíčových starozákonních pojmů a metafor. Zvláštní pozornost věnoval biblickému pojetí času a jemu odpovídající existenciální orientaci. Tradici hebrejského myšlení sledoval i v pozdější, pobiblické fázi židovských kulturních a náboženských dějin a porovnával jej s alternativními pojetími skutečnosti v ostatních kulturně civilizačních okruzích.
Jako básník a literát po celá desetiletí věnoval značnou badatelskou pozornost poetickým a mudroslovným textům Starého zákona (Píseň písní, Žalmy, Kazatel, Přísloví), a také průnikům biblických motivů do české literární tradice, zejména do české poezie.
Na obecnější rovině pak v mezioborové perspektivě zkoumal rozhraní a styčné plochy mezi teologií a poezií, nejen ve svých odborných studiích, ale také v opakovaně vypisovaných seminářích na toto téma, které měly po celou dobu jeho pedagogického působení na Evangelické teologické fakultě značný ohlas u studentů. Studenti i kolegové z Evangelické teologické fakulty jej znají a pamatují jako laskavého a vtipného pedagoga, moudrého přítele, originálního myslitele a velkého básníka. Milan Balabán zemřel v Libici nad Cidlinou 4. ledna 2019.
Náhledová fotografie z televizního pořadu Budoucnosti vstříc z cyklu Neznámí hrdinové. Pohnuté osudy. Pořad je dostupný zde.